تنفیذ ریاست جمهوری توسط ولی فقیه در حقیقت اعطای مشروعیت برای حاكمیت رئیس جمهور بر امور اجرایی كشور است كه این مشروعیت بر اساس ادله‌ی قرآنی و روایی برای فقیه است. بر همین اساس حضرت امام رحمه‌الله در حكم تنفیذ ریاست جمهوری با اشاره به انتخاب ایشان توسط مردم می‌نویسند:
     چون مشروعیت آن باید با نصب فقیه ولى امر باشد، اینجانب رأى ملت شریف را تنفیذ و ایشان را به سمت ریاست جمهورى اسلامى ایران منصوب نمودم‌. (صحیفه امام، ج ۱۵، ص ۶۷)

     همچنین با تنفیذ فقیه، حاكمیت رئیس جمهوری كه فقیه نیست، دیگر مصداق حاكمیت طاغوت نیست. بر همین اساس هم حضرت امام (س) می‌فرمایند: اگر نصب فقیه نباشد، طاغوت است. ماخذ

ماخذ

چرایی و چیستی حکم تنفیذ ریاست جمهوری